后来王肃以散骑常侍的身份兼任秘书监，还兼任崇文观祭酒。景初年间，大建宫室，因此百姓误了农业生产，官府又不守信用，处以死刑仓猝。王肃呈上书说：“大魏承继百王之后，百姓很少，战争没有停息过，确实应当让百姓休养生息并让他们过上长久的安宁日子。要努力积蓄财物让疲惫不堪的百姓得到休息，要减少徭役让他们辛勤耕种。现在宫室没有建成，建国的大业没有完成，由水路调运粮食，辗转供应。所以民工们被劳役弄得很疲惫，农夫离开他们的田地，种粮的人少，吃粮的人多，陈粮已经吃完，新粮没有接继得上。这样国家就会有大灾难，而不是事先有准备的长远计策。现在看到服劳役的有三四万人，九龙殿可以使圣上安居，它的里面完全可以安排六宫，显阳殿将近竣工，只有泰极殿前面，工程还很大，现在正接近大寒季节，疾病可能发生。臣恳切地希望陛下发出福音，下达圣明的诏书，深切地怜悯服役者的疲劳，多多同情广大民众的生活不充裕，裁去那些经常吃国家粮食的人，节省不急需的费用，挑选那些身体强壮的人，从中再选择一万人留下，让他们服役一期就更换，让那些服劳役的人都知道休息替代会有一定的日期，那么就没有不高兴去做事的，即使劳苦也不会埋怨了。总计一年有三百六十万民工，也不算少。应当一年建成的，让它三年完成。分批遣送那些多余的民工，让他们都回去干农活，这是好处无穷的办法。这样粮仓里会有多余的粮食，百姓会有剩余的劳力：用这样的办法来建立功业，什么功业不能建成？用这样的办法来施行教化，什么教化不能成功？在百姓中取得信用，是国家的大宝。孔子说：‘自古以来人都要死，没有取得百姓的信用功业就不能建成。’一个小小的晋国，微不足道的重耳，想利用他的百姓，首先向民众表现出他的信用，所以原国虽然将要投降，但考虑到信用就撤军回去，因而只打一仗就称霸，这事直到现在还被称颂。前些日子正当皇上亲临洛阳时，征发百姓构筑营垒，负责征调的官员说在营垒建成后结束劳役。等到营垒建成后，又继续利用他们的劳力，不按时遣送。负责征调的官员只谋求眼前利益，不顾治国的根本。下臣不高明地认为：从今以后，倘若再征用百姓，应当明确征用的法令，征用一定要按期。假如有事要继续征用，宁可再另外征调，也绝不要失去信用。凡是陛下临时执行刑罚的，都是有罪的官吏，是应当判处死刑的人。可是广大百姓不知道他们的罪行，认为是处理仓猝。所以希望陛下将他们下交执法官员，让执法官去揭露他们的罪过。同样的是处死他们，不要让他们玷污了宫廷又被远近的人所怀疑。况且人的生命最为重要，难生易杀，气断以后就不能续气，所以圣人贤者都很重视决定人的生死问题。孟轲说杀一个无罪的人来取得天下，仁义的人是不干这种事的。汉代有个人违犯了帝王外出时的戒严令，使皇上驾车的马受到惊吓，廷尉张释之奏报汉文帝要对他实施罚款，汉文帝责怪他处罚太轻，可是张释之说：‘在当时，皇上叫人杀死他也就罢了。现在要交给廷尉。廷尉，是天下主持公正的人，运用刑法一旦倾斜，天下运用法律的人都会任意从轻或从重，百姓怎么知道该如何做呢？’臣下认为张释之的话大大地背离了仁义，这不是忠臣所应当陈奏的。廷尉，是天子的官员，尚且不可以失去公平，而天子自己，反而可以糊涂错误吗？张释之的话是只为自己着想，却不替君主考虑，是很不忠诚的表现。周公说：‘天子的话不是开玩笑的；说话就有史官记录它，乐工吟诵它，士大夫引用它。’说话尚且不是开玩笑，何况是行动呢？所以张释之的话不可不审察，周公的告诫不可不效法。”还陈述说：“各种鸟兽都是没用的东西，只是浪费草谷和饲养人的劳力，都将它们放掉。”
帝尝问曰：“汉桓帝时，白马令李云上书言：‘帝者，谛也。是帝欲不谛。’当何得不死？”肃对曰：“但为言失逆顺之节。原其本意，皆欲尽心，念存补国。且帝者之威，过于雷霆，杀一匹夫，无异蝼蚁。宽而宥之，可以示容受切言，广德宇于天下。故臣以为杀之未必为是也。”帝又问：“司马迁以受刑之故，内怀隐切，著《史记》非贬孝武，令人切齿。”对曰：“司马迁记事，不虚美，不隐恶。刘向、扬雄服其善叙事，有良史之才，谓之实录。汉武帝闻其述《史记》，取孝景及己本纪览之，于是大怒，削而投之。于今此两纪有录无书。后遭李陵事，遂下迁蚕室。此为隐切在孝武，而不在于史迁也。”
正始元年，出为广平太守。公事征还，拜议郎。顷之，为侍中，迁太常。时大将军曹爽专权，任用何晏、邓飏等。肃与太尉蒋济、司农桓范论及时政，肃正色曰：“此辈即弘恭、石显之属，复称说邪？”爽闻之，戒何晏等曰：“当共慎之！公卿已比诸君前世恶人矣。”坐宗庙事免。后为光禄勋。时有二鱼长尺，集于武库之屋，有司以为吉祥。肃曰：“鱼生于渊而亢于屋，介鳞之物失其所也。边将其殆有弃甲之变乎？”其后果有东关之败。徙为河南尹。嘉平六年，持节兼太常，奉法驾，迎高贵乡公于元城。是岁，白气经天，大将军司马景王问肃其故，肃答曰：“此蚩尤之旗也，东南其有乱乎？君若修已以安百姓，则天下乐安者归德，唱乱者先亡矣。”明年春，镇东将军毌丘俭、扬州刺史文钦反，景王谓肃曰：“霍光感夏侯胜之言，始重儒学之士，良有以也。安国宁主，其术焉在？”肃曰：“昔关羽率荆州之众，降于禁于汉滨，遂有北向争天下之志。后孙杈袭取其将士家属，羽士众一旦瓦解。今淮南将士父母妻子皆在内州，但急往御卫，使不得前，必有关羽土崩之势矣。”景王从之，遂破俭、钦。后迁中领军，加散骑常侍，增邑三百，并前二千二百户。甘露元年薨，门生缞绖者以百数。追赠卫将军，谥曰景侯。子恽嗣。恽薨，无子，国绝。景元四年，封肃子恂为兰陵侯。咸熙中，开建五等，以肃著勋前朝，改封恂为氶子。 []
初，肃善贾、马之学，而不好郑氏，采会同异，为《尚书》、《诗》、《论语》、《三礼》、《左氏》解，及撰定父朗所作《易传》，皆列于学官。其所论驳朝廷典制、郊祀、宗庙、丧纪、轻重，凡百余篇。时乐安孙叔然， 受学郑玄之门，人称东州大儒。征为秘书监，不就。肃集《圣证论》以讥短玄，叔然驳而释之，及作《周易》、《春秋例》，《毛诗》、《礼记》、《春秋三传》、《国语》、《尔雅》诸注，又著书十余篇。自魏初征士燉煌周生烈， 明帝时大司农弘农董遇等，亦历注经传，颇传于世。 []
评曰：钟繇开达理干，华歆清纯德素，王朗文博富赡，诚皆一时之俊伟也。魏氏初祚，肇登三司，盛矣夫！王肃亮直多闻，能析薪哉！ []
明帝曾经问王肃说：“汉桓帝时期，白马县县令李云上书说：‘帝，就是谛的意思。是帝王不想细察。’当时李云怎么不被处死？”王肃回答说：“作为臣下李云说话只是失去顺与不顺的分寸。推究话的本意，都是想尽心意，想着对国家有益。况且帝王的威望，超过雷霆，杀死一个普通人，与踩死一只蝼蛄和蚂蚁没有区别。宽免了他，可以表明能容纳激烈的言辞，向天下广施恩德。所以下臣认为杀了他未必是对的。”明帝又问：“司马迁因受刑的缘故，内心深怀伤痛，撰写《史记》来非议贬评汉武帝，叫人切齿痛恨。”王肃回答说司马迁记事，不凭空赞美，不隐讳丑恶。刘向、扬雄佩服他善于叙事，有良史的才能，认为他所著的《史记》是如实记录。汉武帝听说司马迁写《史记》后，将写孝景帝以及写自己的本纪拿来阅读。阅后大怒，削去简策上的字迹后把它扔了。所以到现在这两个本纪有目录而无内容记载。后来司马迁遭遇李陵事件，于是被投进牢狱受宫刑。这是汉武帝心怀切齿痛恨，而司马迁并无罪过。
正始元年，王肃调出朝廷担任广平郡太守。因有公事征召他回朝，任命他为议郎。不久，担任侍中，升任太常。当时大将军曹爽独揽大权，任用何晏、邓飏等人。王肃与太尉蒋济、司农桓范谈论到当时的政治，王肃严肃地说：“何晏这类人就是弘恭、石显之流，还用得着称道他们吗？”曹爽听说后，告诫何晏等人说：“你们都应当谨慎！公卿已将各位比作前代的恶人了。”王肃因与祭祀宗庙的事有牵连而获罪被免官。后来担任光禄勋。当时有两条一尺长的鱼，聚集在武器库的房顶上，管理武器仓库的官员认为是吉祥的征兆。王肃说：“鱼是生长在深潭里的，可是现在待在高高的房顶上，有鳞甲的动物失去了它赖以生存的环境。大概是有守边的将领丢铠弃甲的事故发生吧？”后来果然有安徽东关（吴、魏间的要冲）的失败。后改任河南尹。嘉平六年，掌持符节兼任太常，敬奉皇帝的车驾，到河北元城县迎接高贵乡公。这一年，有白气从天空经过，大将军司马景王向王肃询问这一现象的原因，王肃回答说这是蚩尤的旗帜，大概东南方向将有叛乱吧？您如果修养自己来安抚百姓，那么天下喜欢安定的人会归服于仁德，带头作乱的人会首先灭亡。”第二年春天，镇东将军毌丘俭、扬州刺史文钦反叛，司马景王对王肃说：“霍光被夏侯胜的话所感动，开始重视儒家的读书人，确实是有原因的。使国家、君主安定，办法在哪里呢？”王肃说：“过去关羽率领荆州的部众，在汉水边降服了于禁，就有向北争夺天下的想法。后来孙权偷袭并收取了关羽的将士、家属，关羽的士兵一下就瓦解了。现在淮南将士的父母、妻子都在内地，只要赶紧前去抵御保卫，使他们不能前进，一定会出现像关羽那样土崩瓦解的局面。”司马景王听取了王肃的意见，就打败了毌丘俭、文钦。后来王肃升任中领军，兼任散骑常侍，增加食邑三百户，合计以前的共二千二百户。他甘露元年去世，门生披麻戴孝的以百计数。王肃被追赠卫将军，谥号为景侯。他的儿子王恽继承爵位。王恽去世后，没有儿子继承爵位，封国被撤销。景元四年，封王肃的儿子王恂为兰陵侯。咸熙年间，开始建立五等爵位，因为王肃在前朝的功劳卓著，改封王恂为山东承县的子爵。
起初，王肃爱好贾逵、马融的学说，却不喜欢郑玄的学说，他采集融汇各家的异同，为《尚书》、《诗经》、《论语》、《三礼》、《左氏春秋》作注解，还写定父亲王朗所作的《易传》，这些书都被列入学校应备的书籍。他所辩论驳正的朝廷典制、郊祀、宗庙、丧纪轻重的文章，共一百多篇。当时乐安郡的孙叔然，在郑玄门下受学，人们称他为东州大儒。朝廷征召他为秘书监，他没有就职。王肃撰写《圣证论》是为讥讽郑玄的短处，郑玄的弟子孙叔然进行反驳并加以解释，作了《周易》、《春秋例》、《毛诗》、《礼记》、《春秋三传》、《国语》、《尔雅》等书的注解，还写文章十多篇。从魏初敦煌郡的隐士周生烈，到明帝时大司农弘农郡人董遇等人，也都注解经、传，在社会上流传很广。
评论说：钟繇开朗豁达，治事干练，华歆清正纯洁，品德高洁，王朗学问渊博，知识丰富，确实都是一个时代的杰出的人才。魏国初建，他们开始登上三公的职位，真是兴盛啊！王肃忠诚正直，见多识广，善于分析事理啊！
