在以后的许多次审讯中，岳飞屡经酷刑的折磨，但始终以坚强的意志、非凡的毅力，忍受肉体上的极大痛苦，拒绝回答万俟们提出的任何问题，拒绝承认王俊、张俊等人捏造的“罪状”。为了表示抗议，岳飞开始绝食。连续好几天，岳飞一口粥也不吃。他终于病倒了。

秦桧、万俟还继续派他们的党羽搜检岳飞的文书档案，又派党羽分头到各地去罗致别的“罪证”。他们说，在当年淮西战役中，岳飞故意藐视同朝大将，而且是想残害友军。又说，岳飞有一次召集诸将开会，他忽然扬言：“国家今天的景况不得了啊，官家（指赵构）又不修德！”这是“指斥乘舆”，即攻击皇帝。他们还说，几年前，岳飞第一次作节度使时，曾经高兴地向别人夸耀说：“我三十二岁建节，自古少有。”而在这个年纪做节度使的，只有开国皇帝宋太祖。这是与太祖皇帝相提并论，显然怀有不测的野心。此外还编造说：岳飞罢兵权后，曾经命幕僚孙革写信给张宪，叫张宪“采取措施，另行筹画”，又指使张宪谎报金兀术大军侵犯襄、汉一带，以便占据襄阳作乱。万俟等人还捏造了岳云的一些罪名，说他写信给张宪，要张宪想法把岳飞弄回军中来，并说这封信已经焚毁。

在这样的“罪状明白”以后，万俟决定立即结案定罪。按照宋律，应该召集此案审讯官和刑部、大理寺官员一起集议。大理寺丞李若朴、何彦由提出，岳飞的罪依法只可判处两年徒刑，不应判死刑。万俟卤等人置之不理，仍然决定岳飞、岳云、张宪三人犯下了“私罪”，应该判处岳飞斩刑、张宪绞刑、岳云徒刑，并将所定罪名奏报朝廷，请赵构最后“裁断”。

正当秦桧、万俟卤等人迫害岳飞的时候，朝廷内外许多主持正义的官员展开子营救岳飞的活动。一个宗室首领力辩岳飞无罪，他说：“中原未宁，祸及忠义，这是忘记二圣，不想恢复中原了。臣愿意以全家百口，担保岳飞没有罪。”福建布衣范澄之上书指出，全国百姓不知道岳飞因犯何罪而被逮系诏狱，但又怕指责为造谣惑众，所以都不敢说话。宰辅大臣献媚虏人，急于求和。陛下正下定决心恢复祖宗大业，岂可叫将帅们互相屠杀！希望陛下特予赦宥，释放岳飞。抗金名将韩世忠不顾个人的安危，亲自责问秦桧，秦桧含糊其词地回答说：“岳飞子岳云写给张宪书虽然不清楚，但是这件事莫须有（也许有）……”韩世忠听了，义愤填膺，说道：“相公，‘莫须有’三字，何以服天下？”从此，“莫须有”成为冤狱的代名词，后代还称冤狱为“三字狱”。在赵构和秦桧一伙操纵下，爱国的官员和士大夫的营救活动都成为徒劳。

岳飞被捕入狱后，赵构、秦桧一伙加紧向金朝投降。十月，赵构派吏部侍郎魏良臣等出使金朝，在兀术面前再三叩头，哀求甚切，兀术才准议和。十一月，宋、金和谈成功，金朝规定宋朝投降的条款为：划定两国的国界，东从淮水、西到陕西大散关以北的土地全部归金朝所有，宋在京西割唐、邓二州，陕西割商、秦二州之半给金；仍向金称臣，每年奉送金朝银子万两和绢帛万匹。

赵构和秦桧一伙屈膝投降后，又按照金朝统治者的意旨，决定对岳飞下毒手，置岳飞于死地。

绍兴十一年冬，岳飞经过许多天的绝食，身体已经极度衰弱。赵构审批尚书省转呈的刑部大理寺奏状，当即下旨：“岳飞特赐死。张宪、岳云并依军法施行，命杨沂中监斩，仍多差将兵防护。”刑部大理寺原来议定不杀岳云，但赵构和秦桧一伙连岳云也不肯放过。

当天，大理寺执法官遵旨进入狱中，作最后的处决。他们再次提审岳飞，逼他在供状上画押。岳飞知道已经到了生命的最后时刻，他仍然坚持自己抗金爱国无罪，决不乞求开恩赦免。不过，他觉得如果老天有眼，一定会证明自己的一生光明磊落，无辜被害，于是他镇定自若地取过笔来，在供状，上写了八个大字：“天日昭昭，天日昭昭！”狱吏拿来毒药，放入酒中，岳飞一饮而尽。张宪、岳云同时也被押赴刑场。三位民族英雄就这样没有战死在抗敌的疆场上，却惨死在妥协投降派的毒刑下。这时，岳飞仅岁，岳云岁。

岳飞等三人被害的同时，岳飞和张宪的家属也受到株连，按照赵构的“圣旨”，被分别押解到广东、福建拘管，家产被查抄，没收入官。岳飞的许多部将都卓有战功，这时都被作为岳飞的同案犯，根据赵构的“圣旨”，被判处流放、监管、杖脊等刑罚。一些曾为岳飞鸣冤的官员也都受到牵连，被贬官或罢官，不一而足。岳家军由张俊的心腹田师中接管，牛皋被毒死，很多将领被田师中用各种名义驱逐。至此，岳家军实际上已被瓦解。